Il Comitato Esecutivo - previsto all'art. 6 della L.R. 24/2011, che ha istituto gli Enti di Gestione per i Parchi e la Biodiversità - è il principale organo di governo dell'Ente.
Spettano infatti al Comitato tutte le funzioni non espressamente riservate dalla legge agli altri organi, tra cui ad esempio approvare lo statuto, i regolamenti e il bilancio dell'Ente, nonché gli accordi, le intese e le convenzioni connesse alla gestione del territorio e delle aree protette della Macroarea.
Il Comitato Esecutivo, che rimane in carica cinque anni, è composto dai rappresentanti individuati dalle Comunità del Parco e dai Presidenti delle Province interessate da Parchi regionali, Riserve e Siti della rete Natura 2000 ricompresi nella Macroarea.
Attualmente sono membri del Comitato Esecutivo:
Il Comitato Esecutivo elegge al suo interno il Presidente dell'Ente di gestione, che attualmente è Giovanni Battista Pasini.
Il Presidente ha la rappresentanza legale dell'Ente, convoca e presiede il Comitato Esecutivo e vigila sull'esatta e tempestiva esecuzione dei provvedimenti deliberati.
